En alzado las naves están separadas por seis pilares cruciformes con medias columnas adosadas a sus frentes con capiteles bellamente esculpidos que soportan los arcos formeros y los fajones, todo ello realizado en buena cantería. Algunos fustes de las columnas han sido cortados. Los responsiones de los arcos son también pilastras con medias columnas adosadas.

Los capiteles, de talla vigorosa y monumental representan figuras con estilizaciones con bastante precisión en los detalles. La composición suele ajustarse a las leyes de la simetría. Todo este rico conjunto escultórico ha sido puesto en relación con el románico leonés y compostelano, aunque tiene también sus puntos de contacto con el castillo de Loarre, en concreto en los motivos de pájaros y águilas, pero en general el maestro de Aibar se halla inmerso en los modos generalizados en el románico de la Calzada. En algunas partes de los muros corre una imposta ajedrezada. El sistema de arcos tanto fajones como formeros son de medio punto doblados. La cubierta de la nave central es de riguroso medio cañón sobre fajones y en las naves laterales de cuarto de cañón también sobre fajones. Se ha perdido la cubierta de la nave de la Epístola en su tramo final y ha sido sustituida por una inclinada.

En la nave central se abren dos ventanas en el primero y tercer tramo y en la lateral una ciega en el tramo próximo al crucero, dos de ellas románicas. Las ventana del coro pertenece al siglo XVI